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专访 | 镭速传输加速微生物AI制药企业“未知君”的全球数据采集

AI制药里程碑:亚洲领先,填补微生态制药市场空白

今年6月,一款代号为“XBI-302”的粪菌移植药物(后简称“FMT药物”),获得了美国FDA对于公司FMT药物IND申请的正式批准,可正式进入治疗急性移植物抗宿主病的临床试验阶段;这也是美国FDA官方披露的数据中,亚洲首款获得其临床试验许可的FMT药物。

未知君

相较于传统制药行业,目前还没有任何一款微生态药品在全球范围内正式批准上市,在中国甚至整个亚洲,微生态制药更是处于起步阶段。此前,粪菌移植大多以医疗新技术的形式开展,而未知君将这一治疗手段以微生态制药的方式呈现,填补了亚洲范围内该领域的空白。

这是一款什么药物?未知君又是谁?

这款代号为“XBI-302”的FMT药物是由一家来自深圳的微生态制药企业——未知君研发出的一款粪菌移植药物。不同于传统的灌肠式粪菌移植治疗,未知君研制的药物胶囊可以通过口服方式把健康的菌群移植到患者体内,逐渐替换患者原有的肠道菌群,从而改变其身体机能,达到治疗疾病的目的。

FMT药物是以活菌作为有效成分,其原理是将患者体内遭破坏的肠道菌群置换成健康菌群,与移植入患者体内的造血干细胞共同成长,在不影响防治移植物抗宿主病的前提下,帮助机体重建免疫系统,让病人在治疗和恢复过程中减少抗生素的使用。在肠道菌群的参与下,重新建立的免疫系统更加完善、稳定,有望减少疾病复发、缩短病人愈后、延长无进展生存期,给大量患者带来福音。此外,FMT药物还具有副作用低、安全性高等先天优势。

关于未知君

深圳未知君生物科技有限公司成立于2017年,是国内领先的专注于肠道微生物治疗的AI制药公司,拥有先进完备的微生物药物研发平台。

关于未知君

其核心团队由来自于博德研究所、哈佛大学、麻省理工学院、斯坦福大学、纽约大学西奈山医学院和约翰霍普金斯大学等国际顶级名校和知名研究机构的科学家组成,具有辉瑞、施贵宝等国际一流药厂和生物科技公司的研发及临床工作经验,实现了跨学科、跨产业的深度互补。

镭速传输专访

镭速传输有幸采访到了未知君团队的运维经理王翕,为我们介绍了微生态药物的奥秘及未知君这个团队的良苦用心。

镭速传输:未知君这个名字有没有什么特别的含义?

王翕:未知君其实代表公司一个态度。微生态药物本身在一个比较前沿的,比较新兴的领域,未知代表着公司对于未知事物的一种探索精神,同时,创始人谭验也希望我们有这种探索精神在里面。另外,公司的英文叫xbiome,x其实也是代表一种未知。正如我们在解方程的时候,x就是一个未知数。

未知君这个名字有没有什么特别的含义

镭速传输:还未知君团队研究肠道微生物治疗的初衷是什么?

王翕:其实这个idea主要来源于2007年的一个人类基因组计划。这个人类微生物组计划是人类基因组计划的延伸,它研究的重点是通过微生物组学的方法研究人体内的微生物菌群结构变化和人体健康的关系。当时,业界普遍是认为:人类基因组计划会催生一大批的基因测序的企业,那微生物组计划也会催生一个极大的产业,那其实在制药上,我们就可以实现整个产业链的闭环。

未知君团队研究肠道微生物治疗的初衷

当时我们的创始人谭验,从北京大学毕业前往美国波士顿大学攻读生物信息和计算生物博士时,曾在美国博德的研究所进行研究工作,而这个研究所正是世界上进行基因组学的研究中心之一。在博德的工作经历,让他看到了数据是怎样推动生命科学行业发展的,同时意识到:不同于美国制药的百花齐放,中国在微生物药物上的研发其实是属于空白的。怀揣着对这个行业的热情,他最终选择回国,创办“未知君”这家公司,希望通过技术转化的形式助力生命科学行业的发展。

生命科学行业

镭速传输:相比于传统药物,微生态药物有什么独特之处?

王翕:传统意义上的制药,主要包括小分子药物和大分子药物的研发。相较于由化学合成驱动的小分子药物,以及由分子技术驱动的大分子生物药、细胞治疗或基因编辑,由人工智能生物信息分析驱动的微生态药物,采用人体数据驱动药物研发模式,从高复杂度的人体数据切入,预先排除临床风险,颠覆传统药物研发从低复杂度体外数据切入的“试错式”路径,有望打造更安全有效的药物发现新模式。

微生态药物

未知君以数据为驱动,采用创新型药物开发模式和独有的药物开发平台,将国际一流的AI人工智能算法与生物信息技术相结合,极大地提高了药物开发的效率和成功率。未知君整合微生物组学、免疫学、肿瘤学等学科,以数据为驱动力,打通菌群制药从“虚拟世界”向“物理世界”转化的全链路,实现微生态药物研发完整闭环,打造能持续产生突破性微生态药物的创新型研发平台。

镭速传输:AI制药需要大量数据积累,团队在大数据传输方面遇到过哪些挑战?

王翕:其实,早期我们遇到了非常多的这种问题,因为生物信息分析的数据来源比较复杂,这个数据是使用大量基因测序文件作为我们的源数据。根据测序类型和测序深度的不同,单个文件大小就可以达到3-4G。假如说,我们一次计算要用到100-200个样本,那数据量就上了500GB,甚至TB。我们工作中,经常需要传输这种基因测序的样本,但网络传输的效率非常低,严重阻碍了我们的工作进行,影响项目的开展。尤其是一些跨境传输,非常慢。

AI制药

镭速传输:面对以上挑战,原来是怎么处理的?现在,镭速传输是否可以帮助您解决?

王翕:最早的时候,我们尝试从底层的通路去解决,买一些国际带宽。但这种方法成本比较高。另外,因为我们这种需求是偶发性的,不是长期性的,有计算任务时才需要传输这个样本。没有的时候,带宽就浪费了。后来我们也尝试寻找一些替代方案,包括尝试过很多开源方案的解决方案,但整体效果都不是特别理想。

后来,一些机会我们接触到了镭速和国内的另一款软件飞驰云联,当时镭速就很好的帮助我们解决了传输数据上的一些问题,在传输效率和跨国传输稳定性上表现都很不错,让原来因为被数据传输耽误的一些跨国项目也得以很好的推进。

镭速传输:选择镭速传输的原因?

主要是2个原因:一个是传输效率,一个是易用性。

从成功传输效率上看,镭速应该是我们试过的方案中最优的,比之前试过的很多方案都更好。我们在深圳、北京两地的研发中心传输数据,之前用寄硬盘的方式,效率可想而知,现在用镭速就很快。包括说,我们下载国外的一些数据集,上了TB,以前我们直接从国内下就非常慢,也很不稳定,现在用镭速,先在国外下载好,然后直接在那边装一个客户端传回本地,这样效率就得到了很大的提升。因为本身国外的站点下载国外的数据就有一个区域优势。

传输效率

另一个,镭速的易用性相比于一些软件做的更好。一些开源方案为什么后来弄不好,其实很重要的一个原因就是易用太差了,学习成本太高。我们团队经常要和国外的同事协作,易用性太差,大家用的特别不方便,工作效率也跟着降低了。用镭速,只需要给同事开一个账号,客户端登入就可以传输,在传输效率、稳定性、易用性上都很不错。

镭速传输V6.0.0.8版本更新啦!欢迎大家前往镭速传输官网体验新版本~

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